事实上，在朱元璋推行分封制赋予诸王极大权力的同时，朱元璋也在一步步限制诸王，使其拥有的权力不能与中央冲突，并且保证中央能够居重驭轻。而且，朱元璋还时刻都在提醒分封在各地的藩王要老实行事，不要产生什么非分之想。
洪武六年（公元1373年），就在中书省完成《祖训录》编纂的同一年，另一本涉及藩王的书籍也编纂完成了，即《昭鉴录》。该书的主要内容是介绍中国古代一些著名藩王的事例，有好有坏。朱元璋让大臣们编纂本书时曾说“必时时进说，使知所警戒。然赵伯鲁之失简、汉淮南之招客，过犹不及，皆非朕之所望也”。而这也点名了本书编撰的目的，朱元璋在这句话中涉及了两个人物，一个是赵伯鲁（春秋时期晋国赵氏家族领袖赵襄子的哥哥）因为过于平庸最终不堪大用，另一个是淮南王刘安则是因为锋芒毕露结果招来杀身之祸。朱元璋举这两个人的例子就是想告诉分封各地的藩王们既要允文允武，担当大任，又要安分守己，老实听话，把握好中间的度，不要过犹不及。洪武二十六年，朱元璋又将《永鉴录》颁赐诸王，其内容主要是“辑历代宗室诸王为恶悖逆者，以类为编，直叙其事。”告诫诸王要恪敬守礼、体恤百姓。
除了加强对诸王的思想教育之外，朱元璋还采取实际行动来限制诸王的权力，上面所提到的诸王所拥有的各项权力基本上都是洪武六年编纂而成的《祖训录》中规定的，但是在实际操作过程中，朱元璋也发现《祖训录》赋予诸王的权力过大，于是在接下来的时间中对《祖训录》进行了多次修改，最终于洪武二十八年（公元1395年）将其改定为《皇明祖训》。在《皇明祖训》中便对诸王的权力进行了进一步的限制，比如诸王之前拥有对封国内文武官员的生杀予夺大权，但是在《皇明祖训》中则规定诸王要按律判决，并且对于诸王封国内有老百姓侮辱诸王的情况，其处理办法则是不再由诸王判决，而是押送到京城来由朝廷决断。还有对于所谓的“大臣行奸，不令王见天子”也不再让诸王前去索取奸臣，而是由都督府抓捕，从而避免诸王过多干涉朝政。此外，诸王王府内的文官不再由诸王任命而是由朝廷选任。最终形成了诸王不得干预地方上的民政，王府之外的事务，均归各级地方官吏治理，亲王无权过问的局面。