1795年5月23日，杰伊返回了美国，他惊喜地得知，在出访欧洲期间，自己已经是纽约州的州长了。这个职位完全是故乡人对他能力的认可。和杰伊一起到美国的还有艾德先生，他受法国的派遣前去接替福谢先生的职务。他随身带着一面法国国旗，并且想要把它转赠给国民议会，以此来作为两国友谊的见证。同时，他还代表法国对门罗先生赠送美国国旗一事深表感谢。
6月8日，华盛顿主持召开了国会会议，集中对过去与英国拟订的条约进行了讨论。议员们对条约当中的一些条款表示不满，尤其对第十二条的意见则更大，该条款规定：“美国可以与英属西印度群岛直接进行贸易，但是，运送西印度群岛或者美国的产品的美国商船的总吨位不能超过七十吨，严禁美国商船把西印度群岛或是美国的咖啡、食糖、糖浆、可可运往世界其他地区。”说白了，此项条款的核心就是要限制美国在这个地区的贸易。杰伊对此条持有自己的意见，他提醒大家注意，南方盛产的棉花并不在条款限制之内，仅此一条，就将会给美国带来巨大的财富。有了这一条约的保证，美国的棉花销量必然会大幅度上升，从而成为南方地区的支柱产业。