这些流寇与明朝为敌，却与日寇勾结，形成强大的海上势力，垄断了海上贸易，俨然一个海外朝廷。因此，明初发布休养生息令时，免不了实施海禁。由官方主持部分通商口岸，但这种贸易约束太严，没有活力。
然而倭寇并没有因为明朝的严加防范而消失，他们遭受重创后沉寂了一段时间，在明朝中期又达到了鼎盛。这是因为日本重新步入了异常混乱的时代，本来就擅长渡海的倭寇，重新开始组团到中国抢劫。因为利益巨大，日本的诸侯积极参与，予以资助，更与来自中国的海贼王汪直勾结，形成了实力雄厚的海盗集团。最终，他们在抗倭名将戚继光的打击下被平定了。
接下来由织田信长与丰臣秀吉统治的日本，进入了相对稳定的时期，抢倒是不抢了，反而直接发动十几万军队侵略朝鲜，明朝则进行了抗倭援朝斗争。
紧接着，日本迎来了江户时代，国家进入和平期。而中国正经历明清易代，局面相当不稳定，于是出现了政令倒挂——日本明确要求对周边各国，尤其是中国提高戒备。明朝灭亡前夕，他们又接连发布了两次海禁令，严禁日本人前往海外，也不许外国人踏入日本。