奕劻等人的这份驳议全面否定了康有为设立制度局、新政局以及对全国的行政体制进行改革的建议，但并没有真正说服光绪皇帝。而且另外一个值得注意的动态是，康有为等人坚守支持光绪皇帝一人的既定立场，他们不惜通过各种合法、非法的渠道向光绪皇帝施加压力，不断地鼓动光绪皇帝与慈禧太后及王公大臣、总理衙门为对立面，激起光绪皇帝对这些政治对立面的厌恶，进而同意他们另起炉灶的全面性改革。所以，光绪皇帝在收到奕劻等总理衙门大臣的驳议之后极为不满，他指示总理衙门“另行妥议具奏”，并特意召见具有改革倾向并与康有为关系较好的总理衙门大臣张荫桓，“且责之，谓汝等尽驳康某之奏，汝等欲一事不办乎？”他再次将球踢给了总理衙门的大臣们，并试图动用皇帝的行政资源迫使总理衙门的大臣们议准。
与总理衙门那些老资格的政治家相比，康有为乃至光绪皇帝无疑都过于幼稚。康有为等人在通过各种手段不断向光绪皇帝施加影响的同时，也不断地散布这一关涉大清王朝根本制度改革的相关情况，这些传言在不断地复制过程中已经严重变形。根据康有为的原折，只是建议清政府另行组建专司议政的制度局，另行组建独立于总理衙门和六部的新政局及其十二分局，专司推行新政的责任，并没有提及裁冗员、撤衙门的事情。传言不断流布，“物议沸腾，且因新党中少年高兴到处议论某官可以裁，某人宜去，现已如何奏请皇上饬办，而皇上发下何旨。肆意矜张，为守旧中有心相仇者听去遍传也。”传言的后果是，“京中已有裁撤六部九卿，而设立鬼子衙门，用鬼子办事之谣；竟有老迈昏庸之堂官，懵懂无知之司官，焦急欲死者，惟有诅谤皇上，痛骂康有为而已”。这无形中增加了改革的阻力，将那些原本并不一定反对改革的人统统推到了保守的阵营。即便当事人康有为后来在回顾这一事件时也不能不承认，“我请于京师开十二局，外省开民政局。于是流言纷纭，咸谓我尽废内阁六部及督抚、藩臬司道矣。故张元济请废翰林院、都察院，岑春煊请废卿寺、裁局员，皆归之于我。于是京朝震动，外省怵惊，谣谤不可听闻矣。”