清廷因黄任无功,严旨召还,命提督常青为靖逆将军,往台湾督师;父命署浙闽总督李侍尧,调粤兵四千,浙兵三千,驻防满兵一千,赴台助剿。且因江南提督蓝元枚,系蓝廷珍子,素习台事,调赴军前,与福州将军恒瑞,同为参赞,各将吏次第进行,蓝元枚到台病卒,常青恒瑞率兵数千,至府城相近,与林爽文相遇,望将过去,旗戟隐隐,队伍层层,不知有多少人马,吓得常青恒瑞拍马而逃,走入城中。林爽文料他没用,不去攻城,只蚕食村落,胁令入会,旬日得十余万众,围攻诸罗。
诸罗当南北要冲,为府城屏蔽,爽文因大纪扼守,最称勇悍,誓要破灭此城,免他作梗,因此把诸罗城团团围住,并分了一支党羽,截他饷道。大纪率守兵四千,昼夜防御,看了敌势少懈,复引兵突出,夺他辎重。城中粮饷,赖以不绝。爽文想截人饷道,谁知自己的饷,反被人夺去,所谓乌合之众,不敌纪律之师。爽文遣人诈降,又贿通内应,都被大纪察出,一一斩首。