与上述几个其他国家的类似机构相比，中国的孔子学院起步最晚，但发展速度却是最快的。但是与这些机构相比，孔子学院在未来的发展也面临一些需要研究和解决的问题，这主要包括以下方面。
1.立足长远
刘延东同志在第四届孔子学院大会开幕式上的主旨演讲中指出“办好孔子学院，是一项值得我们长期努力的崇高事业”。要在“做好当前工作的同时，从孔子学院持续发展的总体需要出发，系统考虑基础性、长远性工作，在办学模式、办学条件、选派院长和配备师资等方面做好长期安排”[98]。我们要看到，孔子学院发展速度很快，但基础还很薄弱。法国、德国、日本、西班牙等国家的海外语言文化传播机构都有几十年、甚至上百年的历史。我们还刚刚起步，需要在规模、质量、师资、教材、组织形式等方面有着眼于长远的规划。
2.重视质量
孔子学院在短短的几年间就发展到数百所，遍及世界主要的国家和地区，在数量飞跃式发展的同时人们也产生了对质量问题的关注和担忧。这主要包括，第一，目前的几百所孔子学院在师资、生源、教材、教法等方面都存在很大差异，如何在考虑到各个孔子学院的不同基础、所处的不同国情的基础上制定相对一致的质量和评价标准，是一个未来需要解决的问题。第二，孔子学院的办学质量当然取决于多方面的因素，但师资无疑是最重要的。目前的师资无论在数量和质量上都还不能满足孔子学院快速发展的需要。第三，目前孔子学院的教学主要集中在汉语语言的教学方面，教学对象也主要是没有任何汉语基础的学生，可以说是一种层次比较低的教学。如何提高教学的质量和层次，在教授语言的同时传播和介绍中国的历史、文化，宣传我们的改革开放、和平发展等各方面的政策，提升我们作为一个历史文化源远流长的大国在国际上的影响，也是将来要着力研究和解决的问题。