孙中山一连串的揭露和抨击，使袁世凯陷于十分被动的境地，“袁世凯和他的手下人为所发生的事情乱了手脚”。当时，袁世凯尚未取得清帝退位的同意，在孙中山公布有关条件后，此前袁氏与南方之间用清帝退位换取民国总统的秘密交易便再也无法遮掩，而被完全公开了。袁世凯只好进一步加紧逼宫的步伐。
清帝退位后，袁世凯立即致电南京临时政府和临时参议院，表示绝对赞同共和制度，宣称“共和为最良国体，世界之公认……大清皇帝既明诏辞位，业经世凯署名，则宣布之日，为帝政之终局，即民国之始基，从此努力进行，务令达到圆满地位，永不使君主政体再行于中国。”但与此同时，袁世凯仍贼心不死，竟然在清帝退位诏书上做手脚，擅自在南京临时政府拟订的诏书稿上加入“由袁世凯以全权组织临时共和政府”等内容，表明其政权来自清政府，而将南京临时政府撇在一边。对此，孙中山颇为不满，他致电袁世凯严正指出：“共和政府不能由清帝委任组织，若果行之，恐生莫大枝节。”袁世凯的心腹梁士诒等人为之极力狡辩：“清谕有全权组织字样，南方多反对者。实则此层系满洲王公疑惧，以为优待条件，此后无人保障，非有此语，几于旨不能降，并非项城意。故奉旨后，亦未遵照组织政府。清谕现在已归无效。若欲设法补救，除非清谕重降，自行取消不可。又万万无此办法。南方若坚持此意，实为无结果之风潮。”既成事实难改，袁世凯的阴谋得逞。