总之,由于玉龙杰赤人对蒙军进行了殊死的抵抗,因此蒙军对玉龙杰赤实行了报复性的全城大屠杀。蒙古军将所有的人杀死后,便川流不息地入城任意洗劫。剩下的房屋和街区一下子全被毁掉了。据《多桑蒙古史》说,最后蒙军还决阿姆河堤,引水灌城,庐舍尽毁,藏者皆死。从此,玉龙杰赤成为一座废墟。几十年后有学者还这样写道:“花剌子模(指玉龙杰赤),在斗士的中心,游女的汇集地,福运曾降临其门,鸾凤曾以它为巢,现在则变成豺狼的邸宅第,枭鸢出没之处;屋宇内的欢乐消失殆尽,城堡一片凄凉,园林如此之凋落。”往日繁荣富庶的花剌子模旧都,遭到了彻底破坏。
攻下玉龙杰赤以后,成吉思汗与自己的三个儿子发生了一场冲突。按成吉思汗的规矩,凡攻下城镇,其中的财物、百姓要分成若干份,不从征的宗王、将领也各有份额。实行这种统一分配战利品的制度,目的是有利于统一指挥,也有利于调动全军将士的积极性。但攻下玉龙杰赤后,术赤等三人却私分城郭、百姓,既没有分给其他将士,也没有向成吉思汗贡献一丝一毫。
成吉思汗十分气愤,三天不让他们晋见。博尔术等人劝解说:“不服的回回百姓已屈服了,分了城池,既屈服了回回百姓,俺众人皆欢喜,皇帝如何这般怒。儿子们既知不是,已怕了,以后让他戒慎,可以召他来见。”成吉思汗这才答应与他们见面,但却把他们狠狠训斥了一顿。蒙军其他将领又纷纷解劝说:“三子如初调习的鹰雏一般,方才出征,如此怪责,恐向后学上的心怠慢了。如今,日出入所在,皆是敌人,将俺如西蕃狗般使去,天若佑护,将敌人胜了,凡金银匹帛,都将来献。”经过这一番劝解,成吉思汗才息怒称善,并马上派各位将领,分头去执行征服各地的任务。这一记载说明征服“日出入所在”的一切地区,夺取那里的金银匹帛、财物、百姓,已成为成吉思汗的奋斗目标。因此有人将他看作“世界征服者”,确实是有充分理由的。历十二月,摩诃末就在里海的那个小岛上死去了,仓促之间没有衣服装殓,只用他的衬衫包裹了一下就埋葬了。“此灭国不少,斥地甚广君主之结局,如斯而已。”