总之，由于玉龙杰赤人对蒙军进行了殊死的抵抗，因此蒙军对玉龙杰赤实行了报复性的全城大屠杀。蒙古军将所有的人杀死后，便川流不息地入城任意洗劫。剩下的房屋和街区一下子全被毁掉了。据《多桑蒙古史》说，最后蒙军还决阿姆河堤，引水灌城，庐舍尽毁，藏者皆死。从此，玉龙杰赤成为一座废墟。几十年后有学者还这样写道：“花剌子模(指玉龙杰赤),在斗士的中心，游女的汇集地，福运曾降临其门，鸾凤曾以它为巢，现在则变成豺狼的邸宅第，枭鸢出没之处；屋宇内的欢乐消失殆尽，城堡一片凄凉，园林如此之凋落。”往日繁荣富庶的花剌子模旧都，遭到了彻底破坏。
攻下玉龙杰赤以后，成吉思汗与自己的三个儿子发生了一场冲突。按成吉思汗的规矩，凡攻下城镇，其中的财物、百姓要分成若干份，不从征的宗王、将领也各有份额。实行这种统一分配战利品的制度，目的是有利于统一指挥，也有利于调动全军将士的积极性。但攻下玉龙杰赤后，术赤等三人却私分城郭、百姓，既没有分给其他将士，也没有向成吉思汗贡献一丝一毫。
成吉思汗十分气愤，三天不让他们晋见。博尔术等人劝解说：“不服的回回百姓已屈服了，分了城池，既屈服了回回百姓，俺众人皆欢喜，皇帝如何这般怒。儿子们既知不是，已怕了，以后让他戒慎，可以召他来见。”成吉思汗这才答应与他们见面，但却把他们狠狠训斥了一顿。蒙军其他将领又纷纷解劝说：“三子如初调习的鹰雏一般，方才出征，如此怪责，恐向后学上的心怠慢了。如今，日出入所在，皆是敌人，将俺如西蕃狗般使去，天若佑护，将敌人胜了，凡金银匹帛，都将来献。”经过这一番劝解，成吉思汗才息怒称善，并马上派各位将领，分头去执行征服各地的任务。这一记载说明征服“日出入所在”的一切地区，夺取那里的金银匹帛、财物、百姓，已成为成吉思汗的奋斗目标。因此有人将他看作“世界征服者”,确实是有充分理由的。历十二月，摩诃末就在里海的那个小岛上死去了，仓促之间没有衣服装殓，只用他的衬衫包裹了一下就埋葬了。“此灭国不少，斥地甚广君主之结局，如斯而已。”