和许多类似的冲突相仿，在参战各国于1648年签署《威斯特伐利亚条约》时，战前的所有问题依然没有得到合理的解决。天主教国家依然信奉天主教，新教国家也仍旧是路德、加尔文、茨温利的忠实信徒。瑞士和荷兰的新教徒们建立起了独立的共和国，法国取得了梅斯、图尔、凡尔登等城市及阿尔萨斯的一部分。神圣罗马帝国名存实亡，既无人力也无财力，没有希望，没有勇气。
三十年战争对人类的唯一贡献就是提供了一个反面教训。从此以后，天主教徒和新教徒泯灭了战争的欲念，开始互不理睬，但宗教狂热与信仰仇恨却并未消失。相反，这一争吵刚刚告一段落，新教内部不同派别的纷争又激烈展开。在荷兰，有关“命定论”（这是个晦涩的神学概念，但在你曾祖父眼里，它是个必须要搞清楚的重要问题）的意见分歧引发了大争吵，结果荷兰政治家奥登巴恩凡尔特的约翰（在荷兰共和国独立的最初二十年里，他功勋卓著，并对东印度公司的发展举足轻重）被砍头。在英国，分歧则导致了内战。