根据政务的完成情况，进行月考、岁考，张居正建立一整套严密的考核制度，使得行政法规井井有条。通过“考成法”，张居正裁退了一大批无能官吏，奖励并提拔了有才干的官吏。考成法的实施，也在组织制度上保证了其他各项改革措施的顺利推行。
张居正屡次调查户口、测量耕田、整理赋税，使逃避赋税的豪民纳税，减少了穷人的负担。1578年，张居正下令测量全国田地，测量结果，田地总额多出300万顷，清查出来的田地大部分是强宗豪民的田地。
鉴于明中期以来外族进犯频繁，边境守备空虚的状况，张居正竭力整顿边防，选拔了一批有才干的将领守御边疆。由于张居正知人善任，努力整饬边防，这一时期边境安宁。他任用名将李成梁镇守辽东，蒙古部众10余万数次入寇，都被李成梁力战击败。
平番得胜图（局部）
图为大明神宗万历皇帝《平番得胜图》，描绘了万历年间平定西北少数民族叛乱的历史，现藏于北京故宫博物院。
张居正又任用抗倭名将戚继光防守北方边疆。戚继光调任蓟辽总兵，镇守蓟门。戚继光听说北方的军队纪律松散，就率领戚家军一部到任，打算以此为骨干，训练一支精锐部队。