政变领导人宣布成立“全国救国委员会”，并强调暂时作为最高权力机构代行政府职权，任命前内政部长弗朗索瓦·恩盖泽为救国委员会主席。这次军事政变以及军方的任命，遇到了各方的强烈反对，包括图西族中的开明派，这极大地出乎政变者的意料之外，所拟定的组织新内阁的安排以及施政纲领只好搁置下来。
军政权的垮台
在反对军事政变的斗争中，女总理基尼吉走在最前列。虽然基尼吉也是图西族人，但她坚持政治原则和国家利益，不顾个人的安危，公开反对本族军人发动的政变，强烈谴责政变者杀害恩达达耶总统和高级官员的行经。
在政变发生时，基尼吉总理率领一部分部长逃入法国大使馆避难，表示坚决拒绝与政变者合作，她公开向联合国和西方大国呼吁派兵干涉布隆迪动乱。布隆迪驻外使馆也纷纷谴责政变，要求恢复合法政府。占全国人口80％的胡图族强烈反对图西族人的政变，图西族军人向反对政变的胡图族人开枪，部分胡图族人拿起传统的砍刀长矛进行抵抗，于是爆发了激烈的部族冲突，在二三天内就有数千人被屠杀，但大多数是胡图族人。全国出现了大逃亡的浪潮，数十万布隆迪难民涌向邻国。