魏晋南朝时期，玄学虽然极度昌盛，但是最终还是走上了消亡之路。这是因为它的玄虚高雅、超世脱俗的学术品格，日益将自我束之高阁，遂使研习者日少，学术生命丧失了生存根基。而佛教通过玄学化，逐渐将玄学的精旨妙义囊括无遗，使得玄学因无新义可陈，不得不匍匐在博大精深的佛学脚下，拾之遗唾。羽翼丰满后的佛教，转而指摘玄学，力图斩断与它的师从关系。南朝后期，玄学独立地位丧失，终于无疾而终了。
南北朝时期，无论在南方，还是在北方，儒、佛、道三家都通过竞争，不相上下，互为补充，形成一种并存的局面。只是南方佛在先，北方儒为首，排序略有不同而已。
第三节　地域间、族属间文化的趋同与趋异
魏晋南北朝是中国历史上各族人口大流动的时代。当时人口流动的特点，一是大量北方和西北的少数民族徙入中原；一是众多的北方汉人南迁。
伴随着少数民族人口大量徙入中原和众多的汉族人口南迁这一历史现象，出现的是东晋南朝和十六国北朝长达270余年分裂割据的局面。它使当时的文化呈现趋异又趋同，两种相反相成的发展势态。
《隋书·儒林传》序，概括隋统一时南北学风是：“大抵南人约简，得其英华；北学深芜，穷其枝叶。”类似的见解在此前的东晋也有人提出。如《世说新语·文学篇》载：“褚季野语孙安国云：‘北人学问渊综广博。’孙答曰：‘南人学问清通简要。’支道林闻之曰：‘圣贤固所忘言，自中人以还，北人看书如显处视月，南人学问如牖中窥日。’”唐长孺先生认为，这种差别可以解释为“南学重义解，北学重名物训诂，这正是魏晋新学风和汉代学术传统的区别所在”[25]。前面已讲到，玄学初兴，只活跃于以洛阳为中心的河南地区，而大河以北和江南地区大体遵循郑玄治学的路数，学风偏于保守。两晋之际，大批名士随着南迁的洪流渡过长江，盛行于京洛的新学也因之播迁到南方。在这些雍容华贵、风流倜傥的北方名士面前，江南土著士人虽然也存在着对立情绪，但是政治地位与文化素养方面的差距，使其难免自惭形秽。经过一段磨合后，他们转而钦羡仿效。重视玄理，逐渐成为江南士人风尚。还有的家族世代研习，玄学素养很高。如吴郡张氏子弟几乎各个好玄言，其中张融遗令是：“令人捉麈尾，登屋复魂曰：‘吾生平所善，自当凌云一笑。’三千买棺，无置新衾。左手执《孝经》《老子》，右手执《小品法华经》。”[26]不能玄谈，竟然使陆玩引咎辞官。可见，南北士人在文化上的认同，其基础是土著士人必须对北来新学的服膺。认同的结果又使这种中原文化在南方得到发扬光大。南北朝佛教的差异，同样是受这种学风影响的产物。南方佛教与北方重视外在宗教形式不同，它更注意对佛理的探求。这是佛教徒适应南方社会特点，有意识向玄学渗透的结果。名僧扮演清谈家的角色往来朝野，既想借此得到帝王权臣及名士的认可，又欲以之诠释玄奥精深的宗教哲学。北朝学风所以比较保守，一是因为留在北方的士人多属河北学门，所宗的仍为郑玄之书，玄学没有多大影响。二是出于少数民族统治者政治上的需要。传统儒学既有礼乐制度可供建立政权之用，又有纲常伦理能够帮助他们维持和强化君权。他们从南方看到的教训是，玄学只会造就一批诡辩浮华的谈士、重家轻国的贰臣，故弃之不用。