有趣的是，为纪念这位最有名的校长，北京大学还设有元培学院。元培学院前身是2001年北京大学成立的元培计划实验班；2006年北大－耶鲁联合培养本科生项目在元培学院开始实施；2007年元培学院成立；2008年首个跨学科专业——“古生物学”专业成立；2016年北京大学实行全校本科教育改革，在更大范围内落实自由选课和自主选择专业制度；2018年9月，元培与全校各院系合作；进一步完善学院通识教育体系。