《伯罗奔尼撒战争史》在列举事实的时候，书中的当事人经常要对某件事物进行褒贬，这常常被人误解为修昔底德本人的看法。例如雅典民主政治家伯利克里在阵亡将士葬礼上热情讴歌民主制的演讲被当成修昔底德拥护民主的证明。这是不符合事实的。事实上在同一部书中，修昔底德不只一次用自己的口吻谈到雅典民主的消极面，比如他认为公民大会容易受到怀有个人野心的政治蛊惑家的煽动，犯了许多错误，特别是西西里远征。他还列举过不少有关雅典因实行霸权政策所引起的灾难性后果。因此书中人物的言谈举止虽然出自修昔底德之笔，肯定存在着作者的主观介入，却并非都是修昔底德的，必须具体情况具体分析。
就《伯罗奔尼撒战争史》中的事实陈述而言，修昔底德奉行了与处理演说同样的原则，即客观中立的原则，既不媚俗媚上，也不曲笔讳言，简直客观到冷峻无情的地步。然而，修昔底德毕竟是有血有肉的人，有一定的价值准则，在陈述事实时可以基本做到冷酷无情，但在评述事实却不能不显露出有情的一面。但极为难能可贵的是，修昔底德在这种需要情感的地方仍能保持客观的尊严，按照古希腊人一般的道德准则判断是非善恶。他在书中采取的处理方法是自己先站在第三者的立场上，充当中立的法官，始终先让战争的当事双方均等陈述，或者说是修昔底德有意以均等的原则叙述双方的言论和行动，客观地描述事件的进程，然后再根据他个人的价值准绳对已经陈述的事物做一番评判和裁决。这种论述性的判决有时是一两个段落，有时是一句插语，内里完全没有激愤和仇恨，无论是对雅典的敌人还是雅典人自身，唯一的标准就是冷峻的理性。